Ichga qabul qilingandan keyin qisman ichakda so‘riladi, lekin past lipofillik tufayli peroral 200 mg dozada so‘rilish 20% (15-30%) ni tashkil etadi. Shunga qaramay, virusli kasalliklarni samarali davolash uchun yetarli bo‘lgan doza bog‘liq konsentratsiyalar hosil bo‘ladi. Ovqat atsiklovirning so‘rilishiga sezilarli ta’sir ko‘rsatmaydi. Doza oshganida biokiraolishligi kamayadi. Ichga 200 mg dozada kuniga 5 marta qabul qilinganda Cmax 0.7 mkg/ml, Cmin esa 0.4 mkg/ml ni tashkil etadi; TCmax 1.5-2 soatda erishiladi. Plazma oqsillari bilan bog‘lanishi 9-33% ni tashkil etadi. Atsiklovir gematoensefalik to‘siqdan o‘tadi va bosh miya, buyraklar, o‘pka, jigar, ko‘z suyuqligi, ko‘z yoshi suyuqligi, ichak, mushaklar, taloq, ko‘krak suti, bachadon, qin shilliq qavati va ajralmasi, sperma, homila suyuqligi va gerpetik pufakchalarning ichki tarkibiga yaxshi kiradi. Orqa miya suyuqligidagi konsentratsiyasi qon plazmasidagi konsentratsiyaning 50% ini tashkil etadi. Atsiklovir yo‘ldosh to‘siqdan o‘tadi va ko‘krak suti orqali kam miqdorda chiqariladi. Ichga kuniga 5 marta 200 mg dozada qabul qilinganda, ko‘krak sutidagi konsentratsiya plazmadagi konsentratsiyaning 0.6-4.1% ni tashkil etadi (bunday konsentratsiyalarda emizikli bolalar ona suti orqali atsiklovirni kuniga 0.3 mg/kg dozada qabul qilishi mumkin). Jigarda 9-karboksimetoksimetilguanin metabolitini hosil qilish orqali metabolizmga uchraydi. Buyraklar orqali klubok filtratsiyasi va kanalchalar sekretsiyasi yo‘li bilan chiqariladi: ichga qabul qilinganda – katta qismi o‘zgarmagan holda (62-91%) va metabolit shaklida (o‘rtacha 14%) chiqariladi. 2% dan kam qismi me’da-ichak traktidan chiqariladi; nafas chiqarilgan havoda iz miqdorlari aniqlanadi. 6 soatlik gemodializ seansida atsiklovirning plazmadagi konsentratsiyasi taxminan 60% ga kamayadi; peritoneal dializda esa atsiklovir klirensi sezilarli darajada o‘zgarmaydi. Ichga qabul qilinganda T1/2 kattalarda 3.3 soatni, 1 yoshdan 18 yoshgacha bo‘lgan bolalar va o‘smirlarda esa 2.6 soatni tashkil etadi. Yoshi ulg‘aygan sari chiqarilish tezligi sekinlashadi, lekin T1/2 deyarli o‘zgarmaydi. Og‘ir surunkali buyrak yetishmovchiligi bo‘lgan bemorlarda T1/2 20 soatgacha cho‘ziladi. Buyrak yetishmovchiligi bo‘lgan bemorlarda T1/2 kreatinin klirensi (KK) qiymatiga qarab o‘zgaradi: KK 80 ml/min – 2.5 soat, 50-80 ml/min – 3 soat, 15-50 ml/min – 3.5 soat; anuriya holatida – 19.5 soat, gemodializda – 5.7 soat, doimiy ambulator peritoneal dializda esa 14-18 soat. Atsiklovir va zidovudinni birgalikda qabul qilgan OIV infeksiyasi bo‘lgan bemorlarda ikki preparatning farmakokinetik xususiyatlari deyarli o‘zgarmaydi.