Keng ta’sir doirasiga ega mikroblarga qarshi vosita, xinolon hosilasi bo‘lib, bakterial DNK-girazani (xromosoma DNK-sining yadro RNK atrofida superspiralizatsiya qilinish jarayoniga javobgar bo‘lgan II va IV topoizomerazalar) ingibitsiya qiladi, bu genetik ma’lumotlarni o‘qish uchun zarur. U DNK sintezini, bakteriyalarning o‘sishini va bo‘linishini buzadi; hujayra devori va membranasi kabi morfologik o‘zgarishlarni va bakterial hujayraning tez o‘limini keltirib chiqaradi. Bakteritsid ta’sir ko‘rsatadi: grammanfiy organizmlarga ham bo‘linish, ham tinch holatda ta’sir qiladi (chunki u faqat DNK-giraza emas, balki hujayra devorini lizis qilishni ham keltirib chiqaradi), grampozitiv mikroorganizmlarga esa faqat bo‘linish paytida ta’sir qiladi. Makroorganizmlar hujayralarida DNK-giraza yo‘qligi sababli uning past toksikligi tushuntiriladi. Tsiprofloksatsinni qabul qilish fonida DNK-giraza ingibitorlari guruhiga kirmaydigan boshqa antibiotiklarga qarshilik shakllanmaydi, bu esa uni, masalan, aminoglikozidlar, penitsillinlar, tsefalosporinlar, tetratsiklinlarga chidamli bakteriyalarga nisbatan yuqori samarali qiladi.
Tsiprofloksatsin quyidagi grammanfiy aerob bakteriyalarga sezgir: enterobakteriyalar (Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp., Citrobacter spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Serratia marcescens, Hafnia alvei, Edwardsiella tarda, Providencia spp., Morganella morganii, Vibrio spp., Yersinia spp.), boshqa grammanfiy bakteriyalar (Haemophilus spp., Pseudomonas aeruginosa, Moraxella catarrhalis, Aeromonas spp., Pasteurella multocida, Plesiomonas shigelloides, Campylobacter jejuni, Neisseria spp.), ba’zi hujayra ichidagi qo‘zg‘atuvchilar – Legionella pneumophila, Brucella spp., Listeria monocytogenes, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium kansasii;
grampozitiv aerob bakteriyalar: Staphylococcus spp. (Staphylococcus aureus, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus saprophyticus), Streptococcus spp. (Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae). Bacillus anthracis ga nisbatan faol.
Metitsillinga chidamli stafilokokklarning aksariyati tsiprofloksatsinga ham chidamli. Streptococcus pneumoniae, Enterococcus faecalis, va hujayra ichidagi Mycobacterium avium sezgirligi o‘rtacha (ularni bostirish uchun yuqori konsentratsiyalar talab qilinadi).
Bacteroides fragilis, Pseudomonas cepacia, Pseudomonas maltophilia, Ureaplasma urealyticum, Clostridium difficile, Nocardia asteroides tsiprofloksatsinga chidamli. Treponema pallidum ga nisbatan samarali emas. Qarshilik juda sekin rivojlanadi, chunki tsiprofloksatsin ta’siridan keyin deyarli hech qanday perzistent mikroorganizmlar qolmaydi va bakterial hujayralarda uni inaktivatsiya qiluvchi fermentlar yo‘q.